El Colectivo del Agente Secreto es la facción más misteriosa y enigmática de la serie. Se cree que el jefe de esta organización es el Agente Secreto. Este colectivo está compuesta por unos pocos agentes humanos y algunos miembros de la Alianza reclutados en secreto. Sus objetivos e intenciones se desconocen por el momento, salvo que no apoyan a ninguno de los bandos y solo actúan por conveniencia.