Los Skibidi Mutantes son una subespecie de los Skibidi Toilets. Estos rara vez se vieron en episodios anteriores, pero se han vuelto más comunes, y aparecen nuevos casi en todos los episodios desde el Episodio 62. Tienen cabezas similares a los Skibidi Toilets, pero en lugar de inodoros, en su mayoría tienen cuerpos humanoides, posiblemente de miembros decapitados de la Alianza. Es probable que los cuerpos sean de las bajas de la Alianza cometidas por el Glitch Skibidi Toilet del Episodio 29. A veces, sin embargo, los cuerpos de los mutantes no siempre son de miembros de la Alianza, ya que no todos los mutantes tienen el mismo tamaño que sus contrapartes.